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Öffentliche Ausschreibungen

Titel : DE-Rostock - Durchführung einer Genotypisierung vom Europäischen Aal und Auswertung zur Untersuchung genetisch verschiedener Ökotypen
Dokument-Nr. ( ID / ND ) : 2020011415343182024 / 877666-2020
Veröffentlicht :
14.01.2020
Anforderung der Unterlagen bis :
29.01.2020
Angebotsabgabe bis :
29.01.2020
Dokumententyp : Ausschreibung
Vertragstyp : Dienstleistungsauftrag
Verfahrensart : Offenes Verfahren
Unterteilung des Auftrags : Gesamtangebot
Zuschlagkriterien : Wirtschaftlichstes Angebot
Produkt-Codes :
73000000 - Forschungs- und Entwicklungsdienste und zugehörige Beratung
73110000 - Forschungsdienste
Durchführung einer Genotypisierung vom Europäischen Aal und Auswertung zur Untersuchung genetisch verschiedener
Ökotypen

Vergabestelle:
Landesforschungsanstalt für
Landwirtschaft und Fischerei MV,
Institut für Fischerei
l.kullmann@lfa.mvnet.de

Kurzinfo

Leistungen und Erzeugnisse
Forschung und Entwicklung
Ausschreibungsweite
Nationale Ausschreibung
Vergabeverfahren
Unterschwellenvergabeordnung (UVgO)
Vergabeart
Verhandlungsvergabe
Angebotsfrist
29.01.2020
Erfüllungsort
18069 Rostock Mecklenburg-Vorpommern
Fischerweg 408, 18069 Rostock, Deutschland
Kontakt
l.kullmann@lfa.mvnet.de

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Leistungsbeschreibung:

Übersicht der zu erbringenden Leistungen

1. DNA-Extraktion (die Proben liegen als in Ethanol fixierte Muskel- bzw. Flossenproben vor und werden vom Auftraggeber zur
Verfügung gestellt).

2. Design, Synthese und Optimierungeines Multiplex-Primerpanels (vorzugsweise Ion AmpliSeq (Termo Fisher Scientifc, Sato et al.
2019) auf Basis der bereits beschriebenen Genom-weiten Single Nucleotid Polymorphismen (SNPs) des Europäischen Aals (Pujolar
et al. 2013).

Abgleich mit ökotypspezifischen SNPs des Amerikanischen Aals (Pavey et al. 2015), so dass diese im Multiplex-Primerpanel
vertreten sind, in Abstimmung (peer-review) mit dem Auftraggeber.
Genom-weite Auswahl vonca. 3000 SNPs einschließlich der ca. 300 ökotypspezifischen SNPs des Amerikanischen Aals, auf der
Basis der veröffentlichten Genome des Europäischen Aals (WGS: NCBI Accession Nr. AZBK01000000,ZF-screens B.V., Netherlands,
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10841;Nanopore: http://www.eelgenome.com, Jansen et al. 2017)in Abstimmung (peerreview) mit
dem Auftraggeber.

3. Präparation der Genombibliothek und Genotypisierung durch Sequenzierung (z. B. Illuminashortreads) von 300 - 600 Proben des
Europäischen Aals mit dem entwickelten Multiplex-Primerpanel.

4. Detektion der SNPs bzw. der Varianten und Insertionen/Deletionen (weniger als 10 Basenpaare), minimale Abdeckung (coverage):
10 reads pro Locus/Individuum.

5. Datenübergabe:

Spezifikationen des Multiplex-Primerpanels (Sequenzen der Primerpaare).
Individuelle Sequenzdaten, Dokumentation der Qualitätsparameter bzw. der Analysen zur Qualitätskontrolle.
Individuelle Genotypen (SNP/Allele), Dokumentation der einzelnen Detektionsschritte.

Alle Daten und Ergebnisse sind Eigentum der Landesforschungsanstalt für Landwirtschaft und Fischerei Mecklenburg-Vorpommern.

Die Arbeiten müssen nach dem Grundsatz guter wissenschaftlicher Praxis erfolgen, dass schließt die Dokumentation der
einzelnen Arbeitsschritte ein, in einer Form, die eine Veröffentlichung der Daten und Ergebnisse in einer internationalen
Fachzeitschrift (peerreview) ermöglichen. Das beauftragte Labor hat die Möglichkeit, sich an der wissenschaftlichen
Publikation in Form einer Koautorenschaft zu beteiligen.

6. Um eine Vergleichbarkeit der Angebote zu ermöglichen, bitten wir um eine Preisangabe pro zu untersuchender Probe.

7. Zeitraum der Probenbearbeitung/Rechnungslegung.

Die Analysen, Datenübergabe und Rechnungslegung sollen bis spätestens zum 31.07.2020 abgeschlossen sein.

Source: 4
https://www.bund.de/IMPORTE/Ausschreibungen/editor/Landesforschungsanstalt-fuer-Landwirtschaft-und-Fischerei-Mecklenburg-Vorpomm
ern/2020/01/3248094.html
Data Acquisition via: p8000000

 
 
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